医疗器械本身的属性决定了其清洗方法，而器械的生产厂商应该给用户提供清洗方法的说明以及更新版本。清洗可以手工进行、机器进行或者同时使用这两种方法。选取的清洗方法必须有效、不损害医疗器械的功能并且不给操作人员带来职业危害。
手工清洗
任何医疗器械都应该能以手工清洗的方式进行处理。我们通常推荐手工清洗精密或者复杂的器械，包括微创手术器械、带镜头的器械以及空气动力钻头。可以浸没处理的器械应当在液面以下进行以避免气溶胶；对于不能浸没处理的器械也应该尽量避免气凝结，从而协助去除。浸泡溶液的温度应进行监测与记录。水的硬度、PH值、温度以及污物都可能影响到多酶清洗剂的效果，因此应该遵从清洗剂厂商提供的说明。清洗完成后进行充分的漂洗，以去除污物与清洗剂的残留。
全自动清洗机清洗
机器清洗是指通过自动的清洗与漂洗过程来实现污物与微生物的去除。有些类型的自动清洗机还可以通过热力消毒或者化学消毒的方式来杀灭不同种类的微生物。清洗机的种类有很多，有的还被设计为处理特殊的医疗设备，比如内镜。
血液的组成成分是水溶性蛋白。在机器清洗中，如果这些水溶性蛋白没有在清洗阶段被去除，它们将在后续的热力学消毒阶段变性。变性的蛋白在后续清洗过程中很难被去除。因此在清洗阶段去除血液、体液和组织碎片是非常有必要的，否则随之带来的生物负荷会给工作人员带来感染的风险。
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